Цитата: он все время забирал выручку, выдавалось это РКО на подотчет, потом в конце месяца отчитывался, как правило всей суммой, и снова эта же сумма выдавалась
Ну это фикция конечно. Понятно и мне, и Вам (и налоговикам при проверке сразу будет понятно), что никаких денег он в кассу не вносил и назад в той же сумме не забирал. Лишь кассовые документы рисовались.
Цитата: сейчас организация выручки не имеет а некоторые расходы надо нести, вот он вносит переодически на расчетный счет
Ему надо было регистрировать ИП, а не ООО - с таким-то подходом...
Понятно, что задним числом уже ничего не исправить и остаётся надеяться лишь на то, что компания мелкая и может налоговики обойдут её стороной (но тут без гарантий, конечно). По-хорошему, нужно бы начислять директору проценты за пользование денежными средствами ООО, потому что он без ограничений пользовался ими. И, в зависимости от применяемой системы налогообложения, признавать как внереализационный доход ООО либо по методу начисления, либо кассовым методом.
Цитата: Учредитель вносил наличные в банк, но ставил операцию как временная финансовая помощь, займ учредителя. Можно ли это учесть как сдача выручки в банк
Вы можете конечно написать, что директор (или банк) ошибался в таких-то документах, неправильно указывая источник вносимых средств. И что вместо такой-то формулировки нужно читать такую-то. Но истинная подоплёка его действий всё равно будет видна невооружённым взглядом; это всего лишь вопрос назначения или не назначения налоговой проверки.